Začetki cerkve segajo v 14. stoletje, vendar se prvič omenja šele leta 1623. Na mestu stare zgradbe so pozidali novo cerkev v drugi polovici 17. in jo dodatno predelali v prvi polovici 18. stoletja. Okoli leta 1700 so njene oboke poslikali v pravi fresko tehniki. Tudi Valvazor omenja "cerkev Janeza Krstnika v Sestranski vasi s tremi oltarji in bratovščino sv. Antona Padovanskega". Zvonik ima razgibano dvonadstropno lanternasto streho z volutami in okrasnimi vazami v poznobaročni maniri iz 19. stoletja in je posebnost v slovenskem merilu.